Как и в предыдущих частях серии, в Super Mario Wonder есть несколько скрытых выходов, которые нужно найти. Эти секретные флагштоки могут вести к спрятанным семенам чудес, новым уровням или даже путям в новые миры. Секретные выходы не подсвечиваются на экране прохождения, поэтому единственный способ найти их — тщательно исследовать игру и не упускать из виду ничего подозрительного.
В Super Mario Wonder можно найти семь скрытых флагштоков, что меньше, чем в некоторых прошлых частях серии. В Super Mario World, например, по карте разбросано 24 секретных выхода. К счастью, здесь достаточно обычных уровней, поэтому меньшее количество скрытых флагштоков не обязательно является отрицательным фактором.
В Super Mario Wonder существует семь секретных выходов. Их можно найти в следующих мирах: